Сюжет

Сюжет игры начинается с того что Дезмонд очнулся в первичной тестовой программе Анимуса, где уже находится 16-ый (как выяснилось, его имя - Клэй Качмарек), который объясняет Дезмонду, что Анимус пытается найти его и удалить, как вредоносный вирус, а Клэй изо всех сил пытается отвести Анимус от Дезмонда. А также что его разум выжигается вследствие слишком долгого пребывания в Анимусе и из-за того, что Дезмонд на данный момент находится в коме (конец Assassin's Creed: Brotherhood), и если Дезмонд вовремя не выйдет из комы, то умрет.

1511 год. 51-летний мастер-ассасин Эцио Аудиторе да Фиренце отправляется на восток, на родину своего великого предка Альтаира ибн Ла-Ахада, где ищет следы утерянной библиотеки ордена Ассасинов. Это опасное путешествие обещает быть полным открытий и откровений. Для доступа к библиотеке, которая находится в Масиафе, необходимы пять печатей, которые Эцио будет искать в Константинополе. Одна из печатей уже попала в руки тамплиеров, и Эцио предстоит отнять её у их лидера Леандра. Также эти печати открывают моменты жизни и смерти Альтаира. Но эпоха Revelations — не лучшее время для Константинополя. Последние века Византийская Империя гнила, и 60 лет назад, наконец, пала, уступив место империи османов. И хотя впереди у Константинополя период бурного роста под новым правлением, сейчас горожане настроены мрачно. Константинополь — сердце Османской Империи, где растущая армия Тамплиеров угрожает стабильности региона. На фоне всего этого зреет дворцовый конфликт: за власть в городе борются два сына султана Баязида II. Эцио не собирается стоять в стороне — он станет другом внуку султана, легендарному Сулейману I.

Во время прибытия Эцио знакомится с принцом Сулейманом, который представляется как ученик. В порту Эцио встречает Юсуф Тазим, который согласен помочь мастеру-ассасину. Показав квартал Галаты, Юсуф дарит Эцио нож-крюк, который был создан ассасинами под конец 15-го века. Юсуф показывает его в действии, и Эцио просит помощи в поисках печатей Альтаира. Также Эцио лично обороняет базу ассасинов от тамплиеров. В Константинополе Эцио помогает местным жителям, также немного управляет ассасинами-рекрутами. Узнав, что в Константинополе раньше была лавка Никколо Поло, Эцио решает её проверить и находит подземное хранилище и одну из пяти печатей Альтаира. Также в лавке он знакомится с Софией — девушкой, которая увлекается книгами. Оказывается в печатях содержится воспоминание Альтаира. Сначала Эцио видит отвагу и честь Альтаира, в обороне Масиафа в 1189 году. Также Эцио знакомится с цыганами города и помогает им, получим в замену поддержку.

Эцио выясняет, что тамплиеры планируют убить принца Сулеймана. С Юсуфом в костюмах итальянский певцов он проникает во дворец и спасает юному принцу жизнь, а также заслуживает его доверие. На следующий день Эцио, по просьбе Сулеймана подслушивает разговор Ахмета. Также Эцио находит ещё одну печать Альтаира и видит что произошло после смерти Аль-Муалима: даже со смертью наставника Альтаир пытался сохранить орден и его честь, а также спасти остальных ассасинов. Эцио и Сулейман подозревают что Тарик Барлети, капитан янычаров, связан с тамплиерами. Эцио следит за ним и выясняет что он послал в арсенал Мануила. Герой подслушивает разговор и узнаёт что Мануил с оружием хочет отправится в Каппадокию. Эцио находит четвёртую печать Альтаира и узнаёт что в будущем ассасины стали не ассасинами а просто воинами и еретиками. А всё из-за смерти Аль-Муалима и обращение Альтаира с орденом. Аббас захватил власть и изгоняет Альтаира из Масиафа вместе с сыном Даримом. Узнав что Аббас приказал убить Сефа, младшего сына, Альтаир убивает всех тех кто пытается его убить и убегает из деревни, потеряв жену, Марию. Тем временем Эцио помогает и ухаживает за Софией, добыв посылку для неё, затем находит украденную картину и наконец приносит её пять белых тюльпанов.

Через год Эцио наконец убивает Тарика, но он оказывается не предателем! Из следующей печати Эцио видит возвращение Альтаира в Масиаф через 20 лет. Вместе с настоящими ассасинами Альтаир убивает капитанов Аббаса. Затем из пистолета, который Альтаир сам же и сделал он убивает самого Аббаса. После этого, Эцио решает отправится в подземный город Каппадокию. Перед тем как отправится в путь, Эцио просит Юсуфа позаботиться о Софии. В Каппадокии Эцио убивает подручного Мануила — жестокого убийцу Шах-Кулу и уничтожает арсенал тамплиеров. Бросившись за убегающим Мануилом, Эцио из уст Ахмета узнаёт что главный заговорщик — он! Ахмет грозится смертью Софии и уничтожения ассасинов, а также что всего печатей шесть. Убив Мануила Эцио уплывет обратно в Стамбул и из пятой печати видит что Альтаир и Сеф отдают все пять печатей Никколо Поло, но про шестую ничего нет. В Константинополе Эцио обнаруживает разруху: пожар, бедность и война. А в лавке Софии трупы ассасинов и труп убитого в спину Юсуфа Тазима. Для Эцио это последняя капля. Собрав всех ассасинов Эцио нападает на Ахмета но вместо боя получает предложение: печати взамен на Софию. Принеся печати Эцио надеется на сделку, но получает обман. Он спасает Софию и вместе с ней отправляется в погоню за Ахметом. Пройдя путь Эцио побеждает Ахмета, но убивает его Селим I Грозный, сбросив с обрыва, сказав что отец выбрал наследника. Также он приказывает Эцио убираться навсегда.

Во время нахождения Эцио последней печати Анимус находит Дезмонда и собирается его удалять, но 16-ый спасает его, дотронувшись до него и скопировав его ДНК и Анимус удаляет Клэя.

В Масиафе Эцио и София находят библиотеку и открывают дверь при помощи печатей. Но в ней нет ни книг, ни знаний. В библиотеке Эцио находит скелет Альтаира и шестую печать. В ней последняя минута жизни великого ассасина. Библиотека создана не для книг и знаний с сокровищами, а для Яблока Эдема, которое принадлежало Альтаиру. Но Эцио решает его оставить в хранилище и пожить для себя. Эцио обращается к Дезмонду и надеется что он найдёт ответы на вопросы. Дезмонд попадает в нексус времени, где Юпитер объясняет ему, что мощная вспышка с Солнца уничтожила всю первую циливизацию и лишь немногие из переживших её смогли спастись. После разговора с Юпитером, Дезмонд выходит из комы в окружении Ребекки, Шона и своего отца Уиляма Майлза (лидера современных ассассинов). Они приезжают к месту, где раньше был Великий храм Первой цивилизации, где-то в США. А сам Дезмонд говорит "что знает что делать дальше".